在電子顯微鏡下能看到線粒體、內質網、中心體、葉綠體,高爾基體、核糖體等細胞器,在光學顯微鏡下能看到質體與液泡。
通常將細胞器分為:線粒體;葉綠體;內質網;高爾基體;溶酶體;液泡,核糖體,中心體。其中,葉綠體只存在于植物細胞,液泡只存在于植物細胞和低等動物,中心體只存在于低等植物細胞和動物細胞。
在中學階段,細胞核并不承認為細胞器,而在大學階段,細胞核則被認為是細胞中最大,最重要的細胞器。
另外在細胞中,胞質溶膠約占細胞總體積55%,其中存在幾千種酶。大多數中間代謝(包括糖酵解、糖原異生作用以及糖類、脂肪酸、核苷酸和氨基酸的合成)都是在胞質溶膠中進行的。
細胞質基質實質上是一個在不同層次均有高度組織結構的系統,而不是一種簡單的溶液。然而,在普通透射電子顯微鏡下卻看不到細胞質基質內的有形構造。
電子顯微鏡技術的應用是建立在光學顯微鏡的基礎之上的,光學顯微鏡的分辨率為0.2μm,透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm,也就是說透射電子顯微鏡在光學顯微鏡的基礎上放大了1000倍。
對于電子顯微鏡分,辨能力是其的重要指標,電子顯微鏡的分辨能力以它所能分辨的相鄰兩點的最小間距來表示,即稱為該儀器的最高點分辨率:d=δ。
顯然,分辨率越高,即d的數值(為長度單位)愈小,則儀器所能分清被觀察物體的細節也就愈多愈豐富,也就是說這臺儀器的分辨能力或分辨本領越強。
對于光學顯微鏡是利用凸透鏡的放大成像原理,將人眼不能分辨的微小物體放大到人眼能分辨的尺寸,其主要是增大近處微小物體對眼睛的張角(視角大的物體在視網膜上成像大),用角放大率M表示它們的放大本領。
因同一件物體對眼睛的張角與物體離眼睛的距離有關,所以一般規定像離眼睛距離為25厘米(明視距離)處的放大率為儀器的放大率。光學顯微鏡顯微鏡觀察物體時通常視角甚小,因此視角之比可用其正切之比代替。